Từ năm 1996 đến nay, Bảo tàng Lịch sử Việt Nam phối hợp với ngành Văn hoá - Thông tin Thanh Hoá tiến hành nhiều đợt điều tra, thám sát và khai quật khảo cổ học tại di tích Lam Kinh. Công việc nghiên cứu được thực hiện một cách thận trọng, với các bước điều tra, khảo sát, thám sát và khai quật trên diện rộng. Qua đó, mặt bằng tổng thể của di tích Lam Kinh đã được phác dựng khá đầy đủ, với nhiều đơn nguyên kiến trúc bao gồm toà Chính Điện, các toà Thái Miếu, các điện thờ ở Tây Thất, toà Tả Vu và Hữu Vu, sân rồng